Nació en Buenos Aires en 1890 y, al ser abandonado, vivió sus primeros siete años de vida en la Casa de Niños Expósitos (actualmente Hospital Don Pedro de Elizalde).
A sus siete años de edad fue adoptado por el matrimonio Chinchella y, desde ese momento, vivió en La Boca. Tuvo que dejar su educación formal para trabajar con su familia vendiendo carbón y luego como estibador en el puerto. 
 

En 1907 se anotó en la Sociedad Cosmopolita Musical y de Socorros Mutuos Unión de La Boca para estudiar pintura con Alfredo Lázzari.Frecuentó las reuniones de artistas en la peluquería de Nuncio Nucíforo en 1909. Un año después, con 20 años de edad, expuso cinco cuadros por primera vez en la exposición artística local organizada por la Sociedad Ligure de Mutuo Socorro, en su sede de la calle Suárez 676, La Boca, con motivo del XXV aniversario de su fundación. Desde 1912 fue estudiante de la Segunda Escuela de Dibujo (clases de dibujo al natural) que daba  Pompeo Boggio, en la Sociedad Estímulo de Bellas Artes, cuya sede estaba en un principio ubicada en la calle Tacuarí 535, donde también estudiaron Guillermo Facio Hebequer, José Arato, José y Octavio Fioravanti, Santiago Palazzo, Adolfo Bellocq, Agustín Riganelli, Abraham Vigo y Florencio Sturla. Hacia 1914 pintaba paisajes de Isla Maciel, Parque Lezama, Palermo y  Wilde. 
 

Su vida empezó a cambiar dos años después cuando el periodista Ernesto Marchese publicó el primer artículo de su biografía la revista Fray Mocho.  Al comenzar a legitimarse como artista, en 1919 decidió cambiar el deletreo de su apellido de Chinchella a Quinquela para que fuera más fácil su pronunciación.

En 1917 conoció a Pío Collivadino, presidente de la Academia Nacional de Bellas Artes, quien apoyó su carrera como artista alentando a la exposición individual de su obra en distintos países. Quinquela viajó desde 1920 hasta 1930 por el continente europeo y el americano difundiendo su imagen de La Boca.

Regresó para comenzar su proyecto de crear una unidad cultural, educativa y de salud en su barrio. Empezó desde 1933 con la compra del terreno para la escuela primaria y creó, en los años que siguieron y hasta 1971, otras instituciones educativas, museos, un teatro, un hospital odontológico, un lactario. Todas estas fundaciones las realizó en carácter desinteresado, público  y gratuito.

Continuó su viaje y exposición de obra por el interior del país. En 1948 su biografía fue publicada  por Andrés Muñoz  en prensa y luego en formato de libro en 1949, con numerosas ediciones.

En 1948 se instaló en la parte del museo hoy conocida como Casa Museo y vendió la propiedad de Magallanes 889. Es en este espacio donde celebró su Orden del Tornillo, homenajeando a las personas comprometidas con la cultura general y que hacían actos solidarios con un tornillo en alusión a su ¨locura luminosa¨, en términos de Quinquela. Esta orden siguió hasta que en 1977 falleció a los 86 años de edad, dejando como su principal legado su carácter y obra altruista.